应用物理专业实验教学中心在学校和物理学院的领导下，按照学校的有关实验教学中心的管理政策和运行措施进行实验资源管理、开展实验教学工作，具体措施有：《哈尔滨工业大学国家级实验教学示范中心运行管理实施细则》《哈尔滨工业大学专业实验教学示范中心建设与管理实施办法》、《哈尔滨工业大学实验室工作条例》、《哈尔滨工业大学实验室工作人员岗位职责》、《哈尔滨工业大学实验教学管理规范》。
应用物理专业实验教学中心在此基础上制定了相对应的一系列规范要求和教学管理办法予以落实，保障应用物理专业实验教学中心实现制度化管理和规范化运行。
１. 应用物理专业实验教学中心实施校系两级管理，实行中心主任负责制
学校由一名副校长主管全校实验室工作，实验室管理与教学条件保障处是全校实验室管理工作的行政职能部门，负责实验教学中心的实验室评估和投资建设，学校本科生院负责实验课程的教学质量检查和督导，物理学院主管教学副院长负责全院包括理论和实验课程的教学工作。应用物理专业实验教学中心实行中心主任负责制，负责实验教学的安排、实验课程的建设、实验教学的质量和实验教学队伍的建设，实验教学中心还配备有两名副主任协助中心主任进行课程建设、教学管理、网络化管理和实验室建设与管理工作。
２. 应用物理专业实验教学中心的人员岗位与实验室设置
应用物理专业实验教学中心教学人员包括实验教师和实验技术人员，学校对不同人员有不同的岗位责任要求。按照学校聘任制度要求，实验教师除了需要完成课程教学任务外，还要参加课程建设和科研工作；实验技术人员除了有一定量的教学工作外，主要负责实验仪器的维护、维修和实验技术研究以及实验室建设。实验教师和实验技术人员相互协作，共同保障应用物理专业实验教学中心开设的基础物理实验、专业基础实验、专业先导实验、专业探索实验、创新研修实验、本科生科技创新实验等各类实验课程以及依托本中心开展的本科生科技创新活动能够顺利进行。
３. 应用物理专业实验教学中心实施教学资源统一调配，资源共享，提高实验设备的利用率
应用物理专业实验教学中心实行规范管理，统筹调配实验资源。根据教学的需求和课程的需要，合理安排和使用中心内的实验教学资源，包括实验室、实验教学仪器、实验教师和技术人员，这些措施提高了实验室的运行效率和实验资源的使用效率。学校每年有持续的运行投入，2018-2022年，学校投入1000余万元经费用于新设实验项目的仪器配套、原有实验仪器增添、更新以及自制实验仪器研制与仪器开发；每年还有30余万元的实验室运行保障经费，用于实验教学课程的开展、仪器维护和购买实验消耗品等，该项经费也用于支持本科生从事小课题研究和参加各类学术竞赛。此外，应用物理专业实验教学中心每年还可向学校申请并获得各种教学研究项目的资金投入。
４. 实验教学实行网络化的信息管理，利用虚拟仿真实验辅助实验教学
应用物理专业实验教学中心为促进各项实验教学的落实和教学质量的提高，制定了科学规范的信息化管理制度。建立了基于互联网的实验教学和实验室管理信息平台，在开放性实验课程网上管理系统的基础上，增加了网络资源的共享性建设，包括视频、讲义、实验仪器说明等的上传和下载功能；在网络上增加与学生的交互功能，实现了在线实时问答互动。
基于“虚实结合、以虚补实、以实验虚”的原则，开发的“虚拟物理实验”广泛应用于实验教学的预习、上课、复习以及实验操作危险性大、实验花费昂贵等真实实验难于完成的教学环节。通过多层次虚拟实验的开发与使用，为学生主动性学习和研究性学习创造了条件。
应用物理专业实验教学中心每年在网络教学平台上保证有一定的资金投入和维护费用；在网络安全上，应用物理专业实验教学中心与学校的网络中心合作建立了完善的网络安全机制，通过设立防火墙和账号密码登陆网站等设施可以有效地保障实验教学中心的网络安全。通过以上制度的规范化管理，应用物理专业实验教学中心已经营造了一个“科学、规范、安全、有效”的信息化实验教学环境，保障了教学的正常运行。中心每年可以为应用物理专业350余名本科生，提供约6000人次的实验预约与相关服务。同时为全校非物理专业的3000余名学生提供选课预约服务。
5. 实验教学质量管理
（1）为规范国家级实验教学示范中心管理与运行，学校专门制定了《哈尔滨工业大学国家级实验教学示范中心运行管理实施细则》。学校根据教育部《关于加强高等学校本科教学工作提高教学质量的若干意见》和《哈尔滨工业大学深化教学改革提高本科教学质量的十项措施》等文件精神，专门制定了《哈尔滨工业大学本科教学督导委员会章程》、《哈尔滨工业大学本科生评教实施办法》、《哈尔滨工业大学教师本科教学工作准则》、《哈尔滨工业大学本科实验教学管理规范》等教学管理和教学质量评估办法，以保证提高教师的教学质量。并将对教师教学质量的评估结果作为教师聘任和职称晋升的重要条件。
（2）根据学校的有关教学要求并结合应用物理专业实验教学中心的具体实际，制定了《应用物理专业实验教学中心实验教师教学规范和要求》、《应用物理专业实验教学中心实验技术人员工作规范和要求》，这些文件对实验技术人员和实验教师的上岗条件、工作任务、教学要求等作出的具体要求，对不符合教学要求、出现教学事故的责任人有具体的处罚措施。
（3）物理学院建有完善的教学质量反馈渠道。由物理学院教学副院长领导系内教学督导专家组开展教学督导工作，广泛听取学生对教学的意见和建议，对教学上出现的问题及时发现、及时处理，在制度上保证实验教学在有序、规范和保证质量的基础上进行。